甲苯胺蓝染色是一种碱性染色方法，主要用于识别富含核酸的细胞和组织结构。其主要作用是染色DNA和RNA，使细胞核、核仁以及嗜碱性的细胞质区域呈现深蓝色。该染色法在神经科学研究中尤为重要，可清晰显示神经元内的Nissl小体，从而用于评估神经元的状态和神经损伤。此外，甲苯胺蓝染色也常用于软骨组织染色，能够突出显示软骨基质中的硫酸化糖胺聚糖（GAGs），因此被广泛应用于软骨发育、退行性病变以及软骨损伤修复的研究。该方法适用于石蜡切片、冰冻切片和未脱钙硬组织切片，在软骨组织学、神经组织病理学及其他组织学研究领域具有广泛的应用价值。
组织需经过4% PFA固定，推荐使用石蜡切片（厚度4–6 μm）、冰冻切片或未脱钙硬组织切片，以保证染色效果清晰均匀。
